Сотрудники ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН из Москвы разработали новый алгоритм для выявления повторяющихся ДНК-последовательностей, которые «разбросаны» по геномам растений и содержат мутации. В отличие от существующих методов, этот инструмент не ищет точных совпадений, а выявляет статистические сходства, что позволяет обнаруживать даже сильно изменённые повторы. Об этом «Жуковский.Life» рассказали в пресс-службе РАН.
Такой подход помог найти в геноме риса почти миллион повторов, которые занимают свыше 66 % его всей ДНК — на 56 % больше, чем выявляет популярный алгоритм EDTA. Эти данные важны для сельского хозяйства, так как помогают понимать структуру генома, механизмы устойчивости к болезням и разрабатывать более продуктивные и стойкие к стрессам культуры.
В основе алгоритма лежит итеративный метод с созданием позиционных весовых матриц, которые постепенно уточняются на основе похожих участков генома. Это даёт возможность находить повторы, в которых накопились многочисленные мутации и которые ранее оставались незамеченными.
Работа открывает новый этап в анализе генетического материала растений, позволяя глубже исследовать эволюцию и функциональные особенности растительных геномов.
Кстати, генетическое разнообразие полевых мышей зависит от степени урбанизации парков. Городские экосистемы отличаются сложным составом организмов и высокой плотностью популяций, что способствует нетипичным пищевым связям и ускоренному распространению паразитов.